2006年1月2日，复旦大学百年校庆暨福建校友会成立20周年庆典大会在福州举行。来自全省的400多位校友参加了活动。
2006年9月17日，复旦大学与中国建设银行合作推出“复旦龙卡”（校友卡）。
2006年9月20日，复旦大学第九届世界校友联谊会在无锡举行。共计42个海内外校友会，近200位校友会会长或会长代表出席。其中海外校友会和港澳台校友会13个，原上海医科大学校友会6个，留学生校友会代表也首次组团参加大会。
2006年9月23日，“校友林”揭幕仪式在江湾新校区举行，来自海内外的校友代表200多人参加揭幕仪式。提出“校友林”倡议的台湾校友也组团参加仪式。
2006年11月26日上午，复旦大学南昌校友会成立大会在南昌广播电视中心隆重召开。近二百位校友冒雨参加成立大会，其中还有专程从海外校友赴约而来。许征副校长率团出席了成立大会并讲话，代表母校向南昌校友会赠送了礼物。
2007年1月25日上午，复旦大学校友和捐赠工作会议在光华楼举行，副校长许征到会并发表重要讲话。来自全校各院系、附属医院的校友及捐赠工作负责人和联系人，相关部处负责同志等七十余人出席了此次会议，会议由校对外联络与发展处处长张宏莲同志主持。
2007年2月7日—17日，我校代表团一行6人在洛杉矶、波士顿和纽约等地会见了当地的复旦和原上医校友。
2007年3月25日，由复旦大学软件工程硕士（MSE）热心校友自发组成的复旦大学MSE校友会（筹）在计算机中心B101会议室正式成立。
2007年，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛同志在刊发的大连海军舰艇学院政治教员、我校杰出校友方永刚同志先进事迹上作出重要批示。2月20日大年初三，胡锦涛同志刚从甘肃视察回京，又特地赶到医院看望，高度称赞方永刚不仅深入学习党的理论、坚定信仰党的理论、积极传播党的理论，而且用自己的实际行动模范践行党的理论，充分肯定方永刚作为共产党员的高度政治觉悟和优秀教师的高尚师德师风，号召广大共产党员、全体官兵和社会各界向方永刚同志学习。3月28日上午，校长王生洪专程赴京，为我校81级历史系校友方永刚颁发第五届“校长奖”，并授予他“杰出校友”称号。一直有着深厚复旦情结的方永刚，时常充满感情地回忆起在母校的四年大学时光，他说：“复旦是我人生的转折点，复旦培育了我，我以自己是一名复旦人而自豪”。
2007年4月7日上午，上海医科大学创建80周年庆祝活动筹备暨校友工作会议在枫林校区隆重举行。 庆祝活动筹委会常务副主任、校务委员会副主任彭裕文，筹委会副主任兼秘书长、校党委副书记、中山医院党委书记、王小林，筹委会副主任、副校长许征以及筹委会副主任、上医大上海校友会会长朱世能，筹委会副主任兼办公室主任、上海医学院党委书记程刚，筹委会副秘书长、对外联络与发展处处长张宏莲等与会。会议邀请上医大部分老领导，上医大上海、浙江、南京、广州、湖南、西安和新疆等校友会的会长或代表以及复旦上海校友会的代表参加。上海医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院分管校友工作的领导以及张治道、周剑萍、严符增和郭晓燕等校友和热心校友工作的老中青校友代表和有关工作人员共70余人参加会议。张宏莲同志就上海医科大学创建80周年庆祝捐赠管理办法以及捐赠项目作了说明和介绍。并通报了自上海医科大学创建80周年庆祝活动1号公报公布以来，朱炎、张治道、周剑萍等校友纷纷向母校捐款的情况，近日，又收到2006年复旦大学校长奖 —— 杰出校友奖获得者章晟曼先生的捐款，他将其所获3万元校长奖奖金全部捐给上医大80周年庆祝活动，这是复旦大学校友为上海医科大学80周年庆典奉献的第一份爱心。这些校友“心系母校、慷慨解囊”的义举，得到了与会校友的积极响应，上医大湖南校友会朱冬三校友和公共卫生学院的陈洁校友当场提出为母校的发展和庆祝活动捐款。自由发言的时间里，与会代表就如何搞好庆祝活动踊跃发言，表示要进一步传承上医人精神、努力为上海医科大学创建80周年庆祝活动筹备献计出力，积极投身到各项庆典活动中。在给张治道等5位校友捐赠人举行颁证仪式后，筹委会副主任许征副校长发表讲话， 校务委员会副主任，筹委会常务副主任彭裕文作总结发言。会后，全体与会领导、校友在上医创始人颜福庆雕像前合影留念。今天恰逢上海医科大学杰出校友张治道先生99岁诞辰，与会校友与张先生一道共唱生日歌，衷心祝 愿张治道校友健康长寿。 下午，部分校友代表认真参观了上海医科大学校史馆。
2007年4月16-20日期间，王生洪校长、许征副校长等一行赴港，拜会了我校在港的部分新老校董和校董特别代表。校领导分别与李达三、陈曾焘、吕志和、蔡冠深、谭伯业、陈少雄、郭炳江、林李翘如校董以及周君廉、蒋震、李兆基等校董的特别代表亲切会面，向他们汇报了我校近期所取得的主要成就和未来的重要发展情况；着重介绍了即将在今年校庆期间召开的第四届校董会第一次会议的筹备情况，并希望他们为复旦的未来发展献计献策，共图大计。校董们对于复旦所取得的成就表示钦佩，并表示愿意为复旦的继续发展尽自己的一份力量。 此次新聘的校董中如林李翘如、李兆基、郭炳江和蒋震先生均为饮誉香港学界、商界的著名人士。访港期间，王生洪校长还应邀出席了香港校友会部分校友举行的见面会。外事处陈寅章处长、外联处张宏莲处长、管理学院吴立鹏教授等一行陪同校领导参加了上述活动。